解決pytorch load huge dataset(大數(shù)據(jù)加載)
問題
最近用pytorch做實驗時,遇到加載大量數(shù)據(jù)的問題。實驗數(shù)據(jù)大小在400Gb,而本身機器的memory只有256Gb,顯然無法將數(shù)據(jù)一次全部load到memory。
解決方法
首先自定義一個MyDataset繼承torch.utils.data.Dataset,然后將MyDataset的對象feed in torch.utils.data.DataLoader()即可。
MyDataset在__init__中聲明一個文件對象,然后在__getitem__中緩慢讀取數(shù)據(jù),這樣就不會一次把所有數(shù)據(jù)加載到內存中了。訓練數(shù)據(jù)存放在train.txt中,每一行是一條數(shù)據(jù)記錄。
import torch.utils.data as Data from tqdm import tqdm class MyDataset(Data.Dataset): def __init__(self,filepath): number = 0 with open(filepath,"r") as f: # 獲得訓練數(shù)據(jù)的總行數(shù) for _ in tqdm(f,desc="load training dataset"): number+=1 self.number = number self.fopen = open(filepath,'r') def __len__(self): return self.number def __getitem__(self,index): line = self.fopen.__next__() # 自定義transform()對訓練數(shù)據(jù)進行預處理 data = transform(line) return data train_dataset = MyDataset(filepath = "train.txt") training_data = Data.DataLoader(dataset=train_dataset, batch_size=32,num_workers=1)
注意
1、num_workers只能設置為1。因為MyDataset初始化時只有一個文件對象,在dataloader時num_workers=1只用一個線程去操作文件對象讀取數(shù)據(jù)。如果num_workers>1, 會出錯,多個線程同時操作同一個文件對象,得到的數(shù)據(jù)并不是你想要的。
2、每一個epoch結束以后,需要重新聲明train_dataset和training_data。因為一個epoch結束以后,文件對象已經(jīng)指向文件末尾,下一個epoch取數(shù)據(jù)時,什么也得不到。
3、因為這里__getitem__()只是順序的從文件中取出一行,而與index無關,那么在DataLoader時,即使參數(shù)shuffle指定為True,得到的數(shù)據(jù)依然是順序的,即該方法無法shuffle數(shù)據(jù)。
補充:Pytorch加載自己的數(shù)據(jù)集(使用DataLoader讀取Dataset)
1. 我們經(jīng)??梢钥吹絇ytorch加載數(shù)據(jù)集會用到官方整理好的數(shù)據(jù)集
很多時候我們需要加載自己的數(shù)據(jù)集,這時候我們需要使用Dataset和DataLoader
Dataset:是被封裝進DataLoader里,實現(xiàn)該方法封裝自己的數(shù)據(jù)和標簽。
DataLoader:被封裝入DataLoaderIter里,實現(xiàn)該方法達到數(shù)據(jù)的劃分。
2.Dataset
閱讀源碼后,我們可以指導,繼承該方法必須實現(xiàn)兩個方法:
_getitem_()
_len_()
因此,在實現(xiàn)過程中我們測試如下:
import torch import numpy as np # 定義GetLoader類,繼承Dataset方法,并重寫__getitem__()和__len__()方法 class GetLoader(torch.utils.data.Dataset): # 初始化函數(shù),得到數(shù)據(jù) def __init__(self, data_root, data_label): self.data = data_root self.label = data_label # index是根據(jù)batchsize劃分數(shù)據(jù)后得到的索引,最后將data和對應的labels進行一起返回 def __getitem__(self, index): data = self.data[index] labels = self.label[index] return data, labels # 該函數(shù)返回數(shù)據(jù)大小長度,目的是DataLoader方便劃分,如果不知道大小,DataLoader會一臉懵逼 def __len__(self): return len(self.data) # 隨機生成數(shù)據(jù),大小為10 * 20列 source_data = np.random.rand(10, 20) # 隨機生成標簽,大小為10 * 1列 source_label = np.random.randint(0,2,(10, 1)) # 通過GetLoader將數(shù)據(jù)進行加載,返回Dataset對象,包含data和labels torch_data = GetLoader(source_data, source_label)
3.DataLoader
提供對Dataset的操作,操作如下:
torch.utils.data.DataLoader(dataset,batch_size,shuffle,drop_last,num_workers)
參數(shù)含義如下:
dataset: 加載torch.utils.data.Dataset對象數(shù)據(jù)
batch_size: 每個batch的大小
shuffle:是否對數(shù)據(jù)進行打亂
drop_last:是否對無法整除的最后一個datasize進行丟棄
num_workers:表示加載的時候子進程數(shù)
因此,在實現(xiàn)過程中我們測試如下(緊跟上述用例):
from torch.utils.data import DataLoader # 讀取數(shù)據(jù) datas = DataLoader(torch_data, batch_size=6, shuffle=True, drop_last=False, num_workers=2)
此時,我們的數(shù)據(jù)已經(jīng)加載完畢了,只需要在訓練過程中使用即可。
4.查看數(shù)據(jù)
我們可以通過迭代器(enumerate)進行輸出數(shù)據(jù),測試如下:
for i, data in enumerate(datas): # i表示第幾個batch, data表示該batch對應的數(shù)據(jù),包含data和對應的labels print("第 {} 個Batch \n{}".format(i, data))
輸出結果如下圖:
結果說明:由于數(shù)據(jù)的是10個,batchsize大小為6,且drop_last=False,因此第一個大小為6,第二個為4。每一個batch中包含data和對應的labels。
當我們想取出data和對應的labels時候,只需要用下表就可以啦,測試如下:
# 表示輸出數(shù)據(jù) print(data[0]) # 表示輸出標簽 print(data[1])
結果如圖:
以上為個人經(jīng)驗,希望能給大家一個參考,也希望大家多多支持本站。
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